Las aguas subterráneas están muy expuestas a la contaminación de bacterias, parásitos o substancias químicas, por la facilidad de filtración hasta ellas, del contenido de: letrinas, pozos, fosas sépticas, depósitos de basura o estiércol, etc. El arrastre de bacterias o parásitos depende entre otros factores, de la inclinación del terreno, del nivel de las aguas subterráneas, y de la permeabilidad del suelo, de tal manera que desde el punto de vista sanitario, deben determinarse las distancias máximas de migración y la dirección de las corrientes subterráneas.

Una corriente de agua puede contaminarse en forma directa o indirecta y las causas pueden ser físicas, químicas, biológicas, térmicas, y radiológicas. Aunque es posible clasificar la contaminación en esta forma, seria muy raro encontrar un caso que correspondiera exclusivamente a una sola categoría en particular, a excepción de los casos de contaminación con sustancias radiactivas.

La contaminación física se manifiesta en forma de deposito de lodos, desechos flotantes, espuma, turbidez, color, sabor, olor y temperatura, para citar solo algunos de los tipos más comunes.

La contaminación química también puede tomar muchas formas. Es frecuente encontrar aumentos en dureza, salinidad, acidez o basicidad; tampoco es raro que se descarguen iones tóxicos de metales como cromo, cobre, plomo, mercurio, plata y cinc; sin embargo, estos son materiales valiosos, lo cual a menudo justifica su recuperación en las platas de tratamientos de desechos. En casi todas las aguas de drenajes de minas y en diferentes desechos industriales, hay manganeso, hierro y aluminio; también se encuentran cianuros, fluoruros y compuestos orgánicos. En algunos casos, la contaminación biológica del agua es perjudicial en operaciones industriales, al igual en el agua potable.

El agua absolutamente pura es una rareza de laboratorio. Incluso cuando no esta contaminada con aguas negras o desechos industriales, el agua cruda, tal como se encuentra en la naturaleza siempre lleva substancias extrañas. Las impurezas más comunes son gases disueltos, como dióxido de carbono y oxigeno, y materia mineral soluble, incluyendo iones metálicos tales como de calcio, magnesio, hierro y sodio que se mantienen en equilibrio químico con aniones del tipo de sulfato, bicarbonato, oxidrilo, cloruro y otros. Estas sustancias van disolviéndose con forme el agua fluye sobre la tierra o se filtra a través de ella. Además de los materiales disueltos, muchas aguas superficiales transportan sólidos que van desde arena que es pesada y se asienta con gran rapidez, hasta partículas dispersas en forma coloidal que son indefinidamente estables en suspensión.

Dependiendo de su origen, el agua cruda también contiene cantidades variables de materia orgánica disuelta o dispersa. Ejemplo evidente de ello se encuentra en los drenajes y pantanos, en sistemas de canales de granjas, y en los productos de descomposición de planta y animales acuáticos que murieron a causa de cambios en el clima o en el medio ambiente. En las corrientes, la mayor parte de la materia orgánica desaparece a lo largo de una distancia relativamente corta, debido a la capacidad purificadora de los organismos de dicha corriente, que la utilizan como alimento. La acumulación natural de impurezas en el agua es el resultado de los procesos químicos y físicos que se llevan a cabo en forma espontánea y no se puede hacer mucho por evitarla. Por lo contrario, la contaminación proveniente de las cargas de desechos Municipales e Industriales si puede controlarse.

La contaminación de las corrientes se inició con la aparición de las primeras comunidades establecidas. Los hombres encontraron muy conveniente deshacerse de los materiales indeseables vaciándolos a las corrientes naturales de agua, porque estas las arrastran con gran rapidez. No fue si no hasta la revolución industrial cuando en los EE.UU. la contaminación de las corrientes se convirtió en un problema y la introducción de los drenajes, comenzó a ejercer sus propios efectos. La contaminación aumentó en forma constante conforme la industria manufacturera creció y las comunidades se hicieron cada vez más grandes. La contaminación por efecto de las aguas negras municipales y los desechos industriales han llegado a considerarse como un problema nacional.

Existen muchas definiciones de la contaminación, debido ha que se trata de un número relativo y a que quienes formulan las definiciones, tienden a reflejar en ellas sus propios intereses especiales. En términos sencillos, un individuo o grupo produce la contaminación al descargar en el agua cualquier cosa que interfiere con algún modo con el uso que otro individuo o grupo pueda dar a la misma agua.

La capacidad autopurificadora de las corrientes se ha sobrepasado en algunas zonas; estas aguas han llegado a ser sépticas e inadecuadas, excepto para algunos usos industriales. Es evidente que en estos casos existe una contaminación notable, sin embargo, conforme el grado de contaminación disminuye, se hace cada vez más difícil distinguir racionalmente entre la contaminación objetable y la que representa una demanda razonable en la capacidad de asimilación de las corrientes. En general, puede decirse que la efectividad de los programas de control de la contaminación de las corrientes depende de las definiciones de contaminación.